עם הערות רבות בשוליים, רובן מאת שאול בן משה הכהן אשכנזי, שהוסיף קולופון משלו בסופו (134ב) ובו נראה שלמד את הספר עם תלמידו יעקב: "ואני הבא על החתום באות אמת עברתי על טוב הספר היקר הזה ... עם חברים מקשיבים אעיר להם אזן שומעת לשמע אזן לשמע י’ע’ק’ב’ כל תלמיד מתחיל בו נשען על בינתו ... כי זה הספר עקר ושרש כל החכמה הטבעית ומפתח גדול לחכמה הראשונה באלוהי ... ואנכי תקנתי והגהתי זה הספר כפי יכלתי כעת והשלמתי למודו עם הגהתו ט"ו באב שנת פ’ר’ה’ [=ר"ף] ורבה פה קנדיאה יע’ ... ואם הקטן שאול הכהן מגזע אשכנזים בן לא"א החכם הכולל מוה"ר משה כ"ץ אשכנזי זלה"ה".
בראש כה"י (1א) בכתיבה שונה שיר הפותח ומסתיים במלים "בלמודך לשמע צור תעודה" ובדף 1ב שיר "לחכמי מחקר ספרי טבעים מבינים יכתבום על לב בחותם".
בסוף כה"י, בין נסיונות קולמוס: "כתבתי זה המאמר בבית החכם הכולל דון יצחק בונפיש ן’ שאלתיאל" "אני בנבנשת אשתרוק"[?], "אני הוא בונפוש קרשקש בוניט".
בראש כה"י (1ב) חרוזים על החבור, מאת שאול כהן הנ"ל הפותחים "הנה לבב להבין סוד טבעים אשר המה כתובים על ימינך", ואחריהם מליצה ובה הדים הן לקולופון המגיה והן לשיר שבראש כה"י "וישמע שאול את העם ההולכים בתורת חכם מקור חיים את ש’מ’ע’ י’ע’ק’ב’ כל מתחיל בו נשען על בינתו ... כשמע לעדתם מבין עם תלמיד ישכילו לשמע צור תעודה להתיצב על הצור אל רועי ישקיף השמים ראשון מניעי בכל הכתוב בספר תורת השמע הטבעי".
בסוף כה"י טיוטה של אגרת תנחומים בכתיבה ספרדית (135ב) ונסיונות קולמוס.
מדף 67 בכתיבה שונה.

בסופו קולופון המתרגם: "נשלמה העתקת באור השמע הטבעי לאבן רשד בי"ט לאלול שנת ע"ו לפרט והעתיקו החכם השלם ר’ קלונימוס בר’ קלונימוס יצ"ו".